蛋白质直接反映着细胞状态、疾病进程及治疗响应。随着质谱技术的飞速发展，Bottom-Up蛋白质组学（自下而上蛋白质组学）正在成为临床研究领域中探索疾病机制、发现生物标志物和优化个体化治疗策略的核心技术手段。本文将深入剖析Bottom-Up蛋白质组学在临床研究中的主要应用场景，并介绍百泰派克生物科技如何通过高性能质谱平台，为临床转化研究提供精准、稳定的蛋白组学解决方案。

一、什么是Bottom-Up蛋白质组学？

Bottom-Up策略通过将样本中的蛋白质酶解为肽段，再借助高分辨质谱对这些肽段进行鉴定和定量。该方法相比Top-Down（直接分析完整蛋白质）更适合大规模、复杂体系的临床样本处理。

其核心优势包括：

（1）适配多种临床样本（血浆、尿液、组织、脑脊液等）

（2）高通量蛋白定量能力

（3）可结合标签技术（TMT/iTRAQ）实现多组学对比分析

（4）易于与转录组、代谢组整合，挖掘多层次信息

二、临床研究中的关键应用场景

1、生物标志物发现

通过对疾病组与对照组样本的蛋白表达差异分析，挖掘潜在的诊断标志物、预后因子或治疗响应指标。常见疾病研究方向包括：

（1）癌症（如肝癌、乳腺癌、肺癌等）

（2）自身免疫疾病（如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎）

（3）神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病）

（4）心血管疾病（如动脉粥样硬化）

2、疾病分型与精准诊疗

蛋白组学数据可用于识别亚型特异性蛋白表达谱，辅助临床进行疾病分型。例如在乳腺癌研究中，不同分子亚型之间的蛋白质表达差异为制定个体化治疗提供了理论依据。结合机器学习算法，我们还能进一步构建蛋白质诊断模型，提升临床诊断准确率。

3、药物靶点筛选与机制研究

通过蛋白质组数据可揭示药物处理前后蛋白网络的动态变化，为机制验证与新药开发提供支持。例如：

（1）分析药物作用靶点及其上下游通路

（2）评估治疗响应或耐药机制

（3）联合PTMs分析（如磷酸化组）探索信号通路调控机制

4、临床样本分子分型数据库构建

借助Bottom-Up蛋白质组学，可以建立疾病相关蛋白数据库，有助于后续的临床数据积累与AI模型训练，推动蛋白质组学临床转化。

三、临床样本蛋白组学的挑战与解决方案

1、临床样本尤其血液、尿液等体液样本存在如下挑战：

（1）高动态范围：如白蛋白等高丰度蛋白干扰目标信号

（2）样本异质性高，批次差异大

（3）质量控制要求高，结果重现性需严格保证

2、百泰派克生物科技通过以下措施有效应对：

（1）使用高通量Orbitrap平台（如Exploris 480、Fusion Lumos）实现亚纳克级灵敏度

（2）采用高丰度蛋白去除、肽段分级等前处理技术

（3）多批次严格质控，配备QC样本与标准品

（4）全流程数据追踪与可溯源性设计，保障结果可重复

百泰派克生物科技依托高分辨率Orbitrap质谱平台，提供覆盖样本处理、质谱检测、生信分析到报告交付的一站式蛋白组学服务。我们擅长处理血浆、组织、尿液等多类型临床样本，支持生物标志物发现、疾病分型、药效评价等多种研究方向。通过标准化流程、严格质控与个性化分析策略，确保数据高质量、结果高可重复性，助力临床科研与转化医学研究高效推进。随着精准医疗理念的深入发展，Bottom-Up蛋白质组学将在疾病早筛、分型、靶向治疗和疗效监测等方面发挥越来越关键的作用。百泰派克生物科技将继续秉承科研严谨性与服务创新力，为临床科研提供高质量、可转化的蛋白质组学数据支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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